ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ НОВЫХ ОБЛАСТЕЙ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИЗВЕСТНЫХ ЛЕКАРСТВ
Источник:
Основой любой научной деятельности является сбор данных, их систематизация и анализ. Одним из лучших средств работы с информацией служат реляционные базы данных (БД) [1].
На данный момент не существует актуальных, легко расширяемых и свободно распространяемых БД биологически активных веществ, позволяющих проводить статистические исследования в целом и поиск взаимосвязей «структура-активность» в частности, а также являющихся удобным инструментом для накопления знаний. Для решения этих задач нами была создана база данных биологически активных веществ (БАВ) - «DRUG».
Текущий этап эволюции разработки программного обеспечения (ПО) характеризуется активным смещением в сторону интернет, поэтому БД «DRUG» изначально разрабатывалась как web-приложение. Такой подход позволил централизованно хранить и обрабатывать большие объемы данных независимо от вычислительных способностей клиента, сделал приложение межплатформенным и не требующим установки дополнительного ПО.
В качестве СУБД (система управления базами данных) была выбрана MySQL. Для создания html-страниц пользовательского интерфейса использован язык «php». Расчет необходимых дескрипторов осуществлялся при помощи открытых библиотек RDKit [2] и checkmol/matchmol [3] или на основе собственных алгоритмов. Конвертирование файлов из различных химических форматов выполняется через библиотеку Open Babel [4].
Химическая структура веществ хранится в виде линейных кодов SMILES и InChI (включая ключ InChIKey). При добавлении нового БАВ в БД можно ввести его химическую структуру через редактор (используется JME Molecular Editor [5]) или загрузить файл в одном из следующих форматов: smi, mol или hin. Для нового вещества рассчитывается молекулярный «отпечаток пальцев»: набор фрагментарных дескрипторов. Это позволяет уменьшить время поиска, удалив из предварительной выборки на основе SQL-запроса не подходящие по параметрам соединения, а затем уже выполнить сравнение «атом-с-атомом». На данный момент БД использует целочисленные, а не бинарные «отпечатки» (их реализация требует достаточных затрат времени, а заметный прирост производительности появляется в базах объемом более 100000 соединений, что не актуально для БАВ). При просмотре вещества БД «DRUG» отображает: название на английском и русском языках, ИЮПАК наименование, брутто формулу и молекулярную массу (вычисляются автоматически), торговые наименования, гиперссылки на другие регистры и базы знаний (CAS, PubChem, DrugBank, PharmGKB и Википедия), ATC-классификацию, описание, показания, механизм действия, применяемые лекарственные формы, виды проявляемой активности, мишени, ссылки на литературу, прикрепленные файлы и дополнительные примечания.
Основным преимуществом баз данных является возможность сложных выборок за очень короткие промежутки времени (несколько минут). В текущей версии БД «DRUG» можно осуществлять несколько видов поиска: по названию (на английском или русском языке, причем запрос на английском языке автоматически транслитерируется, и будут предлагаться варианты на обоих языках), расширенный поиск - представляет собой возможность составления запроса путем комбинирования следующих параметров: функциональной группы, вида активности и произвольно изображенного фрагмента. На рисунке показан снимок экрана результатов поиска по базе веществ соответствующих запросу: «содержат ядро пиримидина и обладают противомалярийной активностью».
Результаты поиска веществ содержащих пиримидин
и обладающие противомалярийной активностью
На данный момент БД «DRUG» содержит информацию о 4609 БАВ (из них 1366 - одобренные к применению лекарственные препараты, 3243 - экспериментальные), 551 вид активностей и 2474 биологические мишени.
Первичное заполнение БД «DRUG» осуществлялось из открытых, преимущественно англоязычных, источников: PubChem, DrugBank и др.
Ингибиторы ангиотензинпревращающего фермента (эналприл, лизиноприл) одни из основных лекарственных средств назначаемых для лечения больных с гипертонической болезнью в развитых странах мира. Известно, что при повышении уровня артериального давления, риск увеличения тромбообразования в сосудистом русле существенно выше, по сравнению с нормальными величинами артериального давления. Гипертоническая болезнь чаще всего развивается в течение длительного времени, и существенное повышение артериальное давление встречается у больных после 50 лет. Свертываемость крови с возрастом, как правило, увеличивается.
Представляло интерес выявить влияние лекарственных средств из группы ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента на показатели свертывающей системы крови в экспериментальных условиях.
Экспериментальные исследования проводились на бодрствующих животных (белые крысы) с использованием коагулографа Н-334. Кровь у животных забирали из вен языка (две - три капли). Полученные результаты оценивались относительно контроля и препаратов сравнения с использованием современных методов статистики.
Выявлены достоверные изменения свертываемости крови при назначении белым крысам ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента. Показатели свертывающей системы крови понижались на 15-46 % от исходного уровня. Достоверные изменения регистрировали после введения эналаприла и лизиноприла (таблица).
Влияние эналаприла и лизиноприла на показатели свертывающей системы крови у животных (М ± m, секунды)
|
Показатели |
Контрольные опыты |
Эналаприл |
Лизиноприл |
|
Продолжительность свертывания крови |
168 ± 2,4 |
228 ± 7,1* |
193 ± 3,9* |
|
% |
100 % |
136 % |
115 % |
|
Начало свертывания крови |
122 ± 2,3 |
143 ± 2,6* |
142 ± 3,1* |
|
% |
100 % |
117 % |
116 % |
|
Конец свертывания крови |
189 ± 4,5 |
275 ± 6,7* |
270 ± 5,2* |
|
% |
100 % |
146 % |
143 % |
|
Начало ретракции и фибринолиза |
558 ± 7,8 |
768 ± 11,6* |
815 ± 14,2* |
|
% |
100 % |
138 % |
146 % |
Примечание. * - Р < 0,05 по сравнению с контрольными опытами.
Полученные результаты исследования позволяют рекомендовать изученные лекарственные средства для дальнейшего исследования в клинической практике с целью расширения спектра положительных эффектов применяемых препаратов из группы ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента.
Список литературы
- Дейт К. Дж. Введение в системы баз данных. - 8-е изд. - М.: Вильямс, 2006. - 1328 с. (дата обращения: 08.02.2011).
- http://rdkit.sourceforge.net/ (дата обращения: 08.02.2011).
- http://merian.pch.univie.ac.at/~nhaider/cheminf/cmmm.html (дата обращения: 08.02.2011).
- http://openbabel.org/ (дата обращения: 08.02.2011).
- http://www.molinspiration.com/jme/ (дата обращения: 08.02.2011).
Отзывы (через Facebook):
Оставить отзыв с помощью аккаунта FaceBook:
Исследованы вопросы влияния давления, относительной влажности и температуры атмосферы на давление воздуха в шине 175/70R13 легкового автомобиля В А З на основании данных Г У « В Н И И Г М И- М Ц Д» по постам (станциям) о температуре воздуха, относительной влажности и атмосферном давлении на уровне станции по природно – климатическим поясам России. Вопросы влияния климатических характеристик на давление в автомобильных шинах рассмотрены для летнего периода, который является наиболее нагруженным в году периодом в плане эксплуатации автомобиля. Исследования выполнены методом случайной выборки с использованием данных срочных наблюдений по постам Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды. Изменения давления в шине в течение рабочей смены значительно влияют на управляемость, надежность и экономическую эффективность эксплуатации автотранспорта. ...
13 05 2021 8:17:12
Статья в формате PDF 94 KB...
12 05 2021 23:57:58
Статья в формате PDF 89 KB...
11 05 2021 7:55:17
Статья в формате PDF 275 KB...
09 05 2021 3:45:48
Статья в формате PDF 293 KB...
08 05 2021 15:57:14
В статье рассмотрены реакции 1,3-дегидроадамантана, относящегося к напряженным мостиковым [3.3.1]пропелланам, с диметилтрисульфидом. Установлено, что при взаимодействии образуются 1,3-бис(метилтио)адамантан, 1-(метилдитио)-3-(метилтио)адамантан и 1,3-бис(метилдитио)адамантан в соотношении 1:4,5:1. Структуры полученных соединений подтверждены методами хромато-масс-спектометрии и Я М Р1 Н-спектроскопии. Выход целевого 1-(метилдитио)-3-(метилтио)адамантана составляет 50 %. Было предположено, что реакция протекает по радикальному механизму. Приведено описание эксперимента. ...
05 05 2021 11:44:13
Статья в формате PDF 104 KB...
04 05 2021 14:36:20
Статья в формате PDF 121 KB...
02 05 2021 9:42:18
Статья в формате PDF 120 KB...
01 05 2021 14:18:51
Статья в формате PDF 100 KB...
30 04 2021 19:26:58
Статья в формате PDF 109 KB...
29 04 2021 4:37:24
Статья в формате PDF 145 KB...
28 04 2021 18:11:32
Статья в формате PDF 108 KB...
27 04 2021 21:50:47
Статья в формате PDF 140 KB...
26 04 2021 7:11:13
Обзор состояния кормления и причин падежа молодняка лисиц в О О О « Покровское зверохозяйство» Республики Саха ( Якутия) в 2010 г. ...
25 04 2021 2:53:39
Статья в формате PDF 114 KB...
24 04 2021 18:50:27
Статья в формате PDF 112 KB...
21 04 2021 7:22:11
Статья в формате PDF 294 KB...
20 04 2021 6:57:38
Статья в формате PDF 121 KB...
19 04 2021 10:49:45
Статья в формате PDF 269 KB...
17 04 2021 14:37:37
Ранее авторами была показана применимость плазмоподобной теории растворов для расчетов эквивалентной электропроводности растворов различных электролитов в воде и этаноле. В данной статье были экспериментально измерены значения электропроводности хлороводорода в четырех н-спиртах (этаноле, пропаноле, бутаноле и пентаноле) при различных температурах (278-328 К), а также получены расчетные значения электропроводности. Сделан вывод о хорошем соответствии расчетных данных экспериментальным. ...
16 04 2021 21:30:15
Статья в формате PDF 250 KB...
15 04 2021 22:20:24
Статья в формате PDF 133 KB...
14 04 2021 2:28:19
Статья в формате PDF 84 KB...
13 04 2021 19:23:24
Статья в формате PDF 101 KB...
12 04 2021 0:30:46
Статья в формате PDF 110 KB...
11 04 2021 19:41:31
Статья в формате PDF 124 KB...
10 04 2021 2:40:34
Статья в формате PDF 150 KB...
09 04 2021 14:58:20
Статья в формате PDF 128 KB...
08 04 2021 23:48:36
Статья в формате PDF 111 KB...
07 04 2021 10:30:13
Статья в формате PDF 101 KB...
06 04 2021 3:56:53
Статья в формате PDF 121 KB...
05 04 2021 18:12:17
Статья в формате PDF 114 KB...
04 04 2021 8:42:15
Статья в формате PDF 135 KB...
03 04 2021 6:51:18
Статья в формате PDF 329 KB...
02 04 2021 9:38:32
В настоящей статье представлена многокритериальная математическая модель организации личностно-ориентированного обучения учащихся. Построена экстремальная модель на языке теории гиперграфов. ...
30 03 2021 10:56:45
Статья в формате PDF 126 KB...
29 03 2021 18:58:10
Статья в формате PDF 218 KB...
28 03 2021 8:38:10
Разработан новый морфометрический показатель площади контакта эпителия и стромы. Показатель использовался автором при многолетних исследованиях морфофункционального состояния щитовидной железы у женщин и в эксперименте. ...
27 03 2021 23:13:53
Статья в формате PDF 129 KB...
26 03 2021 11:26:51
Статья в формате PDF 151 KB...
25 03 2021 15:22:34
Статья в формате PDF 249 KB...
24 03 2021 7:48:40
Статья в формате PDF 227 KB...
23 03 2021 10:52:11
Статья в формате PDF 297 KB...
22 03 2021 18:56:28
Статья в формате PDF 280 KB...
21 03 2021 10:15:10
Статья в формате PDF 307 KB...
20 03 2021 12:44:22
Статья в формате PDF 174 KB...
19 03 2021 8:24:43
Статья в формате PDF 105 KB...
17 03 2021 18:34:10
Статья в формате PDF 112 KB...
16 03 2021 21:16:51
Статья в формате PDF 120 KB...
15 03 2021 11:12:10
Статья в формате PDF 119 KB...
14 03 2021 18:49:19
Статья в формате PDF 94 KB...
12 03 2021 19:43:35
Статья в формате PDF 261 KB...
11 03 2021 17:12:22
Статья в формате PDF 120 KB...
09 03 2021 11:23:37
Статья в формате PDF 133 KB...
07 03 2021 22:54:59
Статья в формате PDF 116 KB...
05 03 2021 12:21:10
Статья в формате PDF 104 KB...
04 03 2021 8:58:50
Измерена подъемная сила, создаваемая скошенным экранированным кольцевым крылом. Показано, что экспериментальные результаты удовлетворяют свойству автомодельности. ...
03 03 2021 20:24:19
Статья в формате PDF 123 KB...
02 03 2021 12:36:31
Статья в формате PDF 131 KB...
01 03 2021 6:38:41
Статья в формате PDF 130 KB...
28 02 2021 19:45:43
Статья в формате PDF 199 KB...
27 02 2021 12:18:38
Статья в формате PDF 110 KB...
26 02 2021 9:36:41
Статья в формате PDF 211 KB...
22 02 2021 3:28:25
Статья в формате PDF 162 KB...
21 02 2021 22:13:56
Статья в формате PDF 324 KB...
20 02 2021 8:48:44
Статья в формате PDF 118 KB...
19 02 2021 3:53:53
Статья в формате PDF 300 KB...
18 02 2021 3:40:41
Статья в формате PDF 106 KB...
17 02 2021 12:57:34
Статья в формате PDF 116 KB...
16 02 2021 1:34:29
Статья в формате PDF 113 KB...
14 02 2021 7:18:38
Статья в формате PDF 111 KB...
13 02 2021 21:10:15
Статья в формате PDF 112 KB...
12 02 2021 20:37:30
Статья в формате PDF 99 KB...
11 02 2021 18:33:32
Статья в формате PDF 286 KB...
09 02 2021 14:55:15
Статья в формате PDF 115 KB...
08 02 2021 18:46:55
Статья в формате PDF 109 KB...
07 02 2021 9:46:16
Статья в формате PDF 110 KB...
06 02 2021 15:29:43
Статья в формате PDF 150 KB...
05 02 2021 16:48:28
Статья в формате PDF 304 KB...
04 02 2021 9:45:18
Статья в формате PDF 119 KB...
02 02 2021 15:50:49
Статья в формате PDF 113 KB...
01 02 2021 23:10:36
Статья в формате PDF 251 KB...
31 01 2021 3:23:34
Статья в формате PDF 121 KB...
29 01 2021 6:23:38
Статья в формате PDF 204 KB...
28 01 2021 5:26:10
Статья в формате PDF 114 KB...
27 01 2021 0:57:59
Статья в формате PDF 111 KB...
26 01 2021 14:33:40
Статья в формате PDF 120 KB...
24 01 2021 11:37:31
Статья в формате PDF 231 KB...
23 01 2021 2:37:45
Статья в формате PDF 225 KB...
22 01 2021 14:15:31
Статья в формате PDF 448 KB...
21 01 2021 21:36:53
Статья в формате PDF 241 KB...
20 01 2021 11:34:55
Статья в формате PDF 117 KB...
19 01 2021 18:27:20
Статья в формате PDF 87 KB...
18 01 2021 19:16:11
Статья в формате PDF 135 KB...
17 01 2021 8:45:20
Статья в формате PDF 288 KB...
16 01 2021 22:15:24
Статья в формате PDF 327 KB...
14 01 2021 5:15:32
Статья в формате PDF 99 KB...
11 01 2021 10:25:22
Статья в формате PDF 126 KB...
10 01 2021 13:23:43
Статья в формате PDF 113 KB...
09 01 2021 7:54:26
Статья в формате PDF 123 KB...
08 01 2021 16:18:41
Статья в формате PDF 123 KB...
07 01 2021 1:15:21
Статья в формате PDF 240 KB...
06 01 2021 22:10:54
Статья в формате PDF 124 KB...
05 01 2021 4:59:29
Разработан пакет графических алгоритмических моделей отбраковочных испытаний радиоприемных устройств, изготавливаемых и выпускаемых предприятием, как первый шаг к последующей автоматизации. Показано преимущество разработанных моделей по сравнению с действующей текстовой инструкцией по проведению испытаний. ...
04 01 2021 19:48:32
Статья в формате PDF 120 KB...
03 01 2021 5:58:56
Статья в формате PDF 163 KB...
02 01 2021 23:19:44
Статья в формате PDF 112 KB...
01 01 2021 20:24:17
Статья в формате PDF 120 KB...
31 12 2020 7:23:28
Статья в формате PDF 146 KB...
30 12 2020 5:19:42
Статья в формате PDF 102 KB...
29 12 2020 18:41:42
Статья в формате PDF 133 KB...
28 12 2020 8:29:29
Статья в формате PDF 391 KB...
27 12 2020 8:26:12
Статья в формате PDF 100 KB...
25 12 2020 19:45:58
Статья в формате PDF 266 KB...
24 12 2020 8:27:20
Статья в формате PDF 111 KB...
23 12 2020 1:11:39
Статья в формате PDF 96 KB...
22 12 2020 15:56:39
Статья в формате PDF 145 KB...
21 12 2020 3:28:59
Статья в формате PDF 125 KB...
20 12 2020 7:20:19
Статья в формате PDF 112 KB...
19 12 2020 13:34:38
Статья в формате PDF 126 KB...
18 12 2020 8:40:37
Статья в формате PDF 120 KB...
17 12 2020 10:42:58
Статья в формате PDF 199 KB...
16 12 2020 19:10:54
Статья в формате PDF 94 KB...
15 12 2020 20:18:26
Еще:
Обзоры -1 :: Обзоры -2 :: Обзоры -3 :: Обзоры -4 :: Обзоры -5 :: Обзоры -6 :: Обзоры -7 :: Обзоры -8 :: Обзоры -9 :: Обзоры -10 :: Обзоры -11 ::
Последовательность подготовки научной работы может быть такой: