ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ НОВЫХ ОБЛАСТЕЙ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИЗВЕСТНЫХ ЛЕКАРСТВ
Основой любой научной деятельности является сбор данных, их систематизация и анализ. Одним из лучших средств работы с информацией служат реляционные базы данных (БД) [1].
На данный момент не существует актуальных, легко расширяемых и свободно распространяемых БД биологически активных веществ, позволяющих проводить статистические исследования в целом и поиск взаимосвязей «структура-активность» в частности, а также являющихся удобным инструментом для накопления знаний. Для решения этих задач нами была создана база данных биологически активных веществ (БАВ) - «DRUG».
Текущий этап эволюции разработки программного обеспечения (ПО) характеризуется активным смещением в сторону интернет, поэтому БД «DRUG» изначально разрабатывалась как web-приложение. Такой подход позволил централизованно хранить и обрабатывать большие объемы данных независимо от вычислительных способностей клиента, сделал приложение межплатформенным и не требующим установки дополнительного ПО.
В качестве СУБД (система управления базами данных) была выбрана MySQL. Для создания html-страниц пользовательского интерфейса использован язык «php». Расчет необходимых дескрипторов осуществлялся при помощи открытых библиотек RDKit [2] и checkmol/matchmol [3] или на основе собственных алгоритмов. Конвертирование файлов из различных химических форматов выполняется через библиотеку Open Babel [4].
Химическая структура веществ хранится в виде линейных кодов SMILES и InChI (включая ключ InChIKey). При добавлении нового БАВ в БД можно ввести его химическую структуру через редактор (используется JME Molecular Editor [5]) или загрузить файл в одном из следующих форматов: smi, mol или hin. Для нового вещества рассчитывается молекулярный «отпечаток пальцев»: набор фрагментарных дескрипторов. Это позволяет уменьшить время поиска, удалив из предварительной выборки на основе SQL-запроса не подходящие по параметрам соединения, а затем уже выполнить сравнение «атом-с-атомом». На данный момент БД использует целочисленные, а не бинарные «отпечатки» (их реализация требует достаточных затрат времени, а заметный прирост производительности появляется в базах объемом более 100000 соединений, что не актуально для БАВ). При просмотре вещества БД «DRUG» отображает: название на английском и русском языках, ИЮПАК наименование, брутто формулу и молекулярную массу (вычисляются автоматически), торговые наименования, гиперссылки на другие регистры и базы знаний (CAS, PubChem, DrugBank, PharmGKB и Википедия), ATC-классификацию, описание, показания, механизм действия, применяемые лекарственные формы, виды проявляемой активности, мишени, ссылки на литературу, прикрепленные файлы и дополнительные примечания.
Основным преимуществом баз данных является возможность сложных выборок за очень короткие промежутки времени (несколько минут). В текущей версии БД «DRUG» можно осуществлять несколько видов поиска: по названию (на английском или русском языке, причем запрос на английском языке автоматически транслитерируется, и будут предлагаться варианты на обоих языках), расширенный поиск - представляет собой возможность составления запроса путем комбинирования следующих параметров: функциональной группы, вида активности и произвольно изображенного фрагмента. На рисунке показан снимок экрана результатов поиска по базе веществ соответствующих запросу: «содержат ядро пиримидина и обладают противомалярийной активностью».
Результаты поиска веществ содержащих пиримидин
и обладающие противомалярийной активностью
На данный момент БД «DRUG» содержит информацию о 4609 БАВ (из них 1366 - одобренные к применению лекарственные препараты, 3243 - экспериментальные), 551 вид активностей и 2474 биологические мишени.
Первичное заполнение БД «DRUG» осуществлялось из открытых, преимущественно англоязычных, источников: PubChem, DrugBank и др.
Ингибиторы ангиотензинпревращающего фермента (эналприл, лизиноприл) одни из основных лекарственных средств назначаемых для лечения больных с гипертонической болезнью в развитых странах мира. Известно, что при повышении уровня артериального давления, риск увеличения тромбообразования в сосудистом русле существенно выше, по сравнению с нормальными величинами артериального давления. Гипертоническая болезнь чаще всего развивается в течение длительного времени, и существенное повышение артериальное давление встречается у больных после 50 лет. Свертываемость крови с возрастом, как правило, увеличивается.
Представляло интерес выявить влияние лекарственных средств из группы ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента на показатели свертывающей системы крови в экспериментальных условиях.
Экспериментальные исследования проводились на бодрствующих животных (белые крысы) с использованием коагулографа Н-334. Кровь у животных забирали из вен языка (две - три капли). Полученные результаты оценивались относительно контроля и препаратов сравнения с использованием современных методов статистики.
Выявлены достоверные изменения свертываемости крови при назначении белым крысам ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента. Показатели свертывающей системы крови понижались на 15-46 % от исходного уровня. Достоверные изменения регистрировали после введения эналаприла и лизиноприла (таблица).
Влияние эналаприла и лизиноприла на показатели свертывающей системы крови у животных (М ± m, секунды)
|
Показатели |
Контрольные опыты |
Эналаприл |
Лизиноприл |
|
Продолжительность свертывания крови |
168 ± 2,4 |
228 ± 7,1* |
193 ± 3,9* |
|
% |
100 % |
136 % |
115 % |
|
Начало свертывания крови |
122 ± 2,3 |
143 ± 2,6* |
142 ± 3,1* |
|
% |
100 % |
117 % |
116 % |
|
Конец свертывания крови |
189 ± 4,5 |
275 ± 6,7* |
270 ± 5,2* |
|
% |
100 % |
146 % |
143 % |
|
Начало ретракции и фибринолиза |
558 ± 7,8 |
768 ± 11,6* |
815 ± 14,2* |
|
% |
100 % |
138 % |
146 % |
Примечание. * - Р < 0,05 по сравнению с контрольными опытами.
Полученные результаты исследования позволяют рекомендовать изученные лекарственные средства для дальнейшего исследования в клинической практике с целью расширения спектра положительных эффектов применяемых препаратов из группы ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента.
Список литературы
- Дейт К. Дж. Введение в системы баз данных. - 8-е изд. - М.: Вильямс, 2006. - 1328 с. (дата обращения: 08.02.2011).
- http://rdkit.sourceforge.net/ (дата обращения: 08.02.2011).
- http://merian.pch.univie.ac.at/~nhaider/cheminf/cmmm.html (дата обращения: 08.02.2011).
- http://openbabel.org/ (дата обращения: 08.02.2011).
- http://www.molinspiration.com/jme/ (дата обращения: 08.02.2011).
Отзывы (через Facebook):
Оставить отзыв с помощью аккаунта FaceBook:
В работе рассмотрен вопрос исследования биологической жидкости в формате 3D. ...
18 10 2019 9:47:36
Статья в формате PDF 168 KB...
15 10 2019 8:26:34
Статья в формате PDF 102 KB...
14 10 2019 19:23:49
Статья в формате PDF 271 KB...
13 10 2019 16:37:53
Статья в формате PDF 258 KB...
12 10 2019 0:10:12
Статья в формате PDF 110 KB...
11 10 2019 17:43:49
Статья в формате PDF 119 KB...
10 10 2019 6:43:47
Статья в формате PDF 127 KB...
09 10 2019 17:21:58
Статья в формате PDF 124 KB...
08 10 2019 7:54:24
Статья в формате PDF 729 KB...
07 10 2019 22:52:27
Наши исследования показали, что эффективность профилактики кариеса зубов значительно снижается на фоне вторичных иммунодефицитных состояний ( И Д С), вызванных ортодонтическим аппаратурным лечением. Предлагаемый метод профилактики позволил купировать иммунодефицитное состояние, возникающее на этапах ортодонтического лечения, и повысить эффективность профилактики кариеса зубов. ...
06 10 2019 19:39:31
Статья в формате PDF 112 KB...
05 10 2019 7:52:52
Статья в формате PDF 120 KB...
04 10 2019 2:37:20
Статья в формате PDF 124 KB...
03 10 2019 21:17:43
Статья в формате PDF 128 KB...
02 10 2019 13:50:39
Статья в формате PDF 102 KB...
01 10 2019 17:48:42
Статья в формате PDF 376 KB...
30 09 2019 0:43:19
Статья в формате PDF 111 KB...
29 09 2019 17:37:12
Статья в формате PDF 121 KB...
28 09 2019 9:35:57
Статья в формате PDF 303 KB...
27 09 2019 1:58:58
Статья в формате PDF 161 KB...
26 09 2019 4:44:28
Статья в формате PDF 130 KB...
25 09 2019 1:30:40
Статья в формате PDF 115 KB...
24 09 2019 9:43:43
Статья в формате PDF 128 KB...
22 09 2019 10:22:39
Статья в формате PDF 276 KB...
21 09 2019 23:55:28
Статья в формате PDF 104 KB...
20 09 2019 23:13:38
Статья в формате PDF 108 KB...
19 09 2019 22:33:38
Статья в формате PDF 314 KB...
18 09 2019 4:59:35
Статья в формате PDF 126 KB...
17 09 2019 18:39:37
Статья в формате PDF 278 KB...
16 09 2019 4:54:15
Статья в формате PDF 120 KB...
15 09 2019 16:57:42
Статья в формате PDF 100 KB...
14 09 2019 2:27:34
Статья в формате PDF 251 KB...
13 09 2019 5:15:30
Статья в формате PDF 112 KB...
12 09 2019 5:13:40
Статья в формате PDF 102 KB...
11 09 2019 5:54:30
Статья в формате PDF 259 KB...
10 09 2019 2:11:49
В результате проведенного исследования установлено, что одними из ведущих патогенетических факторов течения половых инфекций являются нарушения в деятельности иммунной системы. В процессе исследования выявлены изменения в клеточном иммунитете, свидетельствующие о наличии супрессии Т - клеточного звена и наличии диссиммуноглобулинемии. Выявлено, что наиболее выраженные изменения в системе клеточного и гуморального иммунитета обнаружены у больных с хроническим течением инфекционного процесса. ...
09 09 2019 7:56:14
В основе современной научной теории патологии должны лежать фундаментальные философские принципы бытия материи, из которых выводятся и обосновываются ее основные положения. В данной работе проведен анализ принципа подобия как частного выражения философского принципа субстанциального единства мира. Делается вывод, что один общий биологический процесс лежит в основе как нормальных, так и патологических явлений: приспособление есть сущность болезни. ...
08 09 2019 4:46:55
Статья в формате PDF 262 KB...
07 09 2019 6:55:48
Статья в формате PDF 265 KB...
06 09 2019 1:49:22
Статья в формате PDF 125 KB...
04 09 2019 8:51:20
Статья в формате PDF 90 KB...
03 09 2019 9:56:27
Статья в формате PDF 299 KB...
02 09 2019 5:46:22
Статья в формате PDF 136 KB...
01 09 2019 17:33:17
Статья в формате PDF 111 KB...
31 08 2019 2:54:10
Статья в формате PDF 199 KB...
30 08 2019 13:24:35
1. Второй закон Ньютона в катастрофе это неоспоримый факт. 2. Нужно думать, что после такой катастрофы вся классическая физика полетит к чёрту, вместе с физиками, которые попытаются её защищать. 3. Учёные физики всех стран попали в капкан у них дилемма: или они признают теорию Ростовцева или им грозит скамья подсудимых за ложную науку и обман человечества. ...
29 08 2019 0:34:35
Статья в формате PDF 95 KB...
28 08 2019 1:25:39
Статья в формате PDF 99 KB...
27 08 2019 21:19:20
Статья в формате PDF 120 KB...
26 08 2019 19:18:11
Статья в формате PDF 124 KB...
25 08 2019 12:26:20
В статье отражен анализ работы котельного агрегата Т П-13/ В, работающего на смеси природного и доменного газов, выявлены основные недостатки его работы. Также предложены мероприятия, позволяющие повысить эффективность котельного агрегата и решить некоторые проблемы, связанные с его работой. Рассмотрена целесообразность внесения предложенных изменений. ...
24 08 2019 21:47:34
Статья в формате PDF 162 KB...
23 08 2019 3:18:50
Статья в формате PDF 142 KB...
22 08 2019 22:17:42
Статья в формате PDF 121 KB...
21 08 2019 16:32:17
Бесплодие является одним из главным заболеванием коров. По причине непригодности к воспроизводству из стад выбывает более половины животных. По этой причине сельскохозяйственные предприятия терпят существенные убытки. В настоящее время в производстве требуются современные методы лечения, которые отличались бы высокой эффективностью, широким спектром действия, низкозатратностью. Авторы считают, что такой инновационной технологией является лечение нарушения воспроизводительной системы коров и телок с использованием метода криотерапии и озонированными гомеопатическими препаратами. ...
20 08 2019 17:17:21
Статья в формате PDF 142 KB...
19 08 2019 19:35:12
Статья в формате PDF 133 KB...
18 08 2019 19:49:30
Статья в формате PDF 100 KB...
16 08 2019 9:27:40
Статья в формате PDF 109 KB...
15 08 2019 15:58:13
Статья в формате PDF 321 KB...
14 08 2019 2:35:54
Статья в формате PDF 96 KB...
11 08 2019 12:55:17
Статья в формате PDF 253 KB...
08 08 2019 4:32:40
Статья в формате PDF 204 KB...
07 08 2019 16:36:28
Статья в формате PDF 270 KB...
05 08 2019 21:59:24
Статья в формате PDF 98 KB...
04 08 2019 11:49:51
В настояще время весьма актуальной является задача поиска, отбора, поддержки и развития интеллектуально одарённых детей. « Трёхкольцевая модель одарённости» Рензулли включает следующие компоненты: высокий уровень интеллекта, креативность и усиленную мотивацию. Такие дети требуют дифференцированных учебных программ и особой педагогической поддержки. В современной практике обучения используются педагогические стратегии и программы, которые предусматривают высокий уровень развития мыслительных процессов, совершенствование творческих способностей и быстрое усвоение знаний, умений и навыков. Процесс обучения одарённых детей требует создания особой образовательной среды. Ключевой фигурой в создании такой среды является учитель. Функция педагога состоит в сопровождении и поддержке, развитии личности ученика. Продуктивность взаимодействий обеспечивается включённостью ученика и учителя в общую целенаправленную деятельность. ...
03 08 2019 0:24:38
Статья в формате PDF 554 KB...
02 08 2019 7:40:26
Статья в формате PDF 244 KB...
01 08 2019 6:33:45
Статья в формате PDF 136 KB...
31 07 2019 6:16:52
Статья в формате PDF 118 KB...
30 07 2019 12:49:37
Статья в формате PDF 124 KB...
29 07 2019 3:29:44
В статье описана и исследована методами математической статистики хронологическая аномалия космонавтики. Обоснован биномиальный закон распределения числа хронологических совпадений. Показано, что вероятность случайного появления рассматриваемых совпадений весьма мала. Метод исследования, применяемый в работе, преимущественно основан на статистическом анализе хронологии при помощи параметризации дат событий и проверки соответствующего критериального свойства. Используются параметры: условные номера дней с начала летоисчисления N, с начала года n и год Г. Основными информативными параметрами являются интервалы времени между событиями. Обоснован биномиальный закон распределения числа хронологических совпадений. Показано, что вероятность случайного появления рассматриваемых совпадений весьма мала. ...
28 07 2019 19:20:22
Статья в формате PDF 255 KB...
27 07 2019 0:52:45
Статья в формате PDF 113 KB...
26 07 2019 20:43:50
Статья в формате PDF 119 KB...
25 07 2019 12:14:20
Статья в формате PDF 263 KB...
24 07 2019 19:27:36
Географическое расположение и климатические условия Нижнего Поволжья, неудовлетворительная экологическая обстановка способствует росту заболеваемости мочеполовой системы у населения, проживающего в регионе. Увеличение частоты заболеваемости уратным нефролитиазом диктует необходимость поиска адекватного объема терапии по улучшению качества консервативного лечения этой патологии. Изучение особенностей симптомокомплекса уратного нефролитиаза в разных возрастных группах (25-30; 40-45; 60-70 лет) позволило научно обосновать и разработать практические рекомендации по рациональному и эффективному лечению данного вида мочекаменной болезни у пациентов с учетом их возраста. ...
23 07 2019 8:48:49
Статья в формате PDF 115 KB...
22 07 2019 19:34:23
Статья в формате PDF 87 KB...
21 07 2019 1:54:22
Статья в формате PDF 269 KB...
19 07 2019 19:50:53
Статья в формате PDF 258 KB...
18 07 2019 20:13:35
Статья в формате PDF 132 KB...
17 07 2019 21:56:33
Статья в формате PDF 100 KB...
16 07 2019 17:37:35
Статья в формате PDF 143 KB...
15 07 2019 15:54:49
Статья в формате PDF 93 KB...
14 07 2019 21:36:17
Статья в формате PDF 254 KB...
13 07 2019 4:43:37
Статья в формате PDF 848 KB...
12 07 2019 0:56:21
В работе показано, что фундаментальные принципы классической механики и теории поля - принцип наименьшего действия и калибровочная инвариантность полей и электромагнитного поля - есть прямое следствие существования уже в рамках классической физики функции состояния. ...
11 07 2019 21:35:45
Статья в формате PDF 104 KB...
10 07 2019 0:30:44
Статья в формате PDF 116 KB...
06 07 2019 9:10:23
Статья в формате PDF 143 KB...
05 07 2019 15:29:22
Статья в формате PDF 270 KB...
04 07 2019 4:23:51
Статья в формате PDF 103 KB...
03 07 2019 17:48:36
Статья в формате PDF 114 KB...
02 07 2019 14:41:25
Статья в формате PDF 248 KB...
30 06 2019 23:36:31
Статья в формате PDF 119 KB...
29 06 2019 16:50:43
Статья в формате PDF 1797 KB...
28 06 2019 11:23:32
Статья в формате PDF 92 KB...
27 06 2019 8:59:44
Статья в формате PDF 117 KB...
26 06 2019 5:57:34
Статья в формате PDF 254 KB...
25 06 2019 3:16:39
Статья в формате PDF 261 KB...
23 06 2019 4:25:30
Статья в формате PDF 123 KB...
20 06 2019 17:56:44
Статья в формате PDF 254 KB...
19 06 2019 0:41:35
Статья в формате PDF 302 KB...
18 06 2019 9:57:39
Статья в формате PDF 113 KB...
17 06 2019 10:35:58
Современный этап развития мирового и отечественного языкознания характеризуется антропоцентрической направленностью лингвистических исследований. Антропоцентризм является одним из фундаментальных свойств человеческого языка, так как взаимосвязь и взаимообусловленность языка и человека очевидна и не может вызывать никаких сомнений. « Идею антропоцентричности языка в настоящее время можно считать общепризнанной: для многих языковых построений представление о человеке выступает в качестве естественной точки отсчета» [1, 5]. Антропоцентрический подход в изучении языка или антропоцентрическая парадигма предполагает анализ человека в языке и языка в человеке. В. А. Маслова пишет, что «…антропоцентрическая парадигма выводит на первое место человека, а язык считается конституирующий характеристикой человека, его важнейшей составляющей. Человеческий интеллект, как и сам человек, немыслим вне языка и языковой способности как способности к порождению и восприятию речи. Если бы язык не вторгался во все мыслительные процессы, если бы он не был способен создавать новые ментальные пространства, то человек не вышел бы за рамки непосредственно наблюдаемого. Текст, создаваемый человеком, отражает движении человеческой мысли, строит возможные миры, запечатлевая в себе динамику мысли и способы ее представления с помощью средств языка» [1, 8]. ...
16 06 2019 13:36:44
Статья в формате PDF 122 KB...
15 06 2019 10:35:58
Статья в формате PDF 114 KB...
14 06 2019 8:52:11
Статья в формате PDF 244 KB...
13 06 2019 0:17:31
Статья в формате PDF 142 KB...
11 06 2019 11:26:26
Статья в формате PDF 266 KB...
10 06 2019 15:17:15
Статья в формате PDF 134 KB...
09 06 2019 7:33:47
Статья в формате PDF 135 KB...
08 06 2019 16:32:47
Статья в формате PDF 111 KB...
07 06 2019 14:11:57
Статья в формате PDF 128 KB...
06 06 2019 16:28:55
Статья в формате PDF 127 KB...
04 06 2019 6:40:21
Статья в формате PDF 133 KB...
03 06 2019 4:43:17
Статья в формате PDF 131 KB...
02 06 2019 1:20:37
Статья в формате PDF 100 KB...
01 06 2019 7:37:42
Статья в формате PDF 109 KB...
31 05 2019 23:31:40
Статья в формате PDF 117 KB...
30 05 2019 2:10:14
Статья в формате PDF 124 KB...
29 05 2019 4:52:11
Статья в формате PDF 115 KB...
27 05 2019 7:11:40
Статья в формате PDF 136 KB...
26 05 2019 22:34:40
Статья в формате PDF 392 KB...
25 05 2019 17:58:25
Статья в формате PDF 312 KB...
24 05 2019 21:44:21
Статья в формате PDF 302 KB...
23 05 2019 20:41:48
Еще:
Обзоры -1 :: Обзоры -2 :: Обзоры -3 :: Обзоры -4 :: Обзоры -5 :: Обзоры -6 :: Обзоры -7 :: Обзоры -8 :: Обзоры -9 :: Обзоры -10 :: Обзоры -11 ::
Последовательность подготовки научной работы может быть такой: