ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ НОВЫХ ОБЛАСТЕЙ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИЗВЕСТНЫХ ЛЕКАРСТВ
Источник:
Основой любой научной деятельности является сбор данных, их систематизация и анализ. Одним из лучших средств работы с информацией служат реляционные базы данных (БД) [1].
На данный момент не существует актуальных, легко расширяемых и свободно распространяемых БД биологически активных веществ, позволяющих проводить статистические исследования в целом и поиск взаимосвязей «структура-активность» в частности, а также являющихся удобным инструментом для накопления знаний. Для решения этих задач нами была создана база данных биологически активных веществ (БАВ) - «DRUG».
Текущий этап эволюции разработки программного обеспечения (ПО) характеризуется активным смещением в сторону интернет, поэтому БД «DRUG» изначально разрабатывалась как web-приложение. Такой подход позволил централизованно хранить и обрабатывать большие объемы данных независимо от вычислительных способностей клиента, сделал приложение межплатформенным и не требующим установки дополнительного ПО.
В качестве СУБД (система управления базами данных) была выбрана MySQL. Для создания html-страниц пользовательского интерфейса использован язык «php». Расчет необходимых дескрипторов осуществлялся при помощи открытых библиотек RDKit [2] и checkmol/matchmol [3] или на основе собственных алгоритмов. Конвертирование файлов из различных химических форматов выполняется через библиотеку Open Babel [4].
Химическая структура веществ хранится в виде линейных кодов SMILES и InChI (включая ключ InChIKey). При добавлении нового БАВ в БД можно ввести его химическую структуру через редактор (используется JME Molecular Editor [5]) или загрузить файл в одном из следующих форматов: smi, mol или hin. Для нового вещества рассчитывается молекулярный «отпечаток пальцев»: набор фрагментарных дескрипторов. Это позволяет уменьшить время поиска, удалив из предварительной выборки на основе SQL-запроса не подходящие по параметрам соединения, а затем уже выполнить сравнение «атом-с-атомом». На данный момент БД использует целочисленные, а не бинарные «отпечатки» (их реализация требует достаточных затрат времени, а заметный прирост производительности появляется в базах объемом более 100000 соединений, что не актуально для БАВ). При просмотре вещества БД «DRUG» отображает: название на английском и русском языках, ИЮПАК наименование, брутто формулу и молекулярную массу (вычисляются автоматически), торговые наименования, гиперссылки на другие регистры и базы знаний (CAS, PubChem, DrugBank, PharmGKB и Википедия), ATC-классификацию, описание, показания, механизм действия, применяемые лекарственные формы, виды проявляемой активности, мишени, ссылки на литературу, прикрепленные файлы и дополнительные примечания.
Основным преимуществом баз данных является возможность сложных выборок за очень короткие промежутки времени (несколько минут). В текущей версии БД «DRUG» можно осуществлять несколько видов поиска: по названию (на английском или русском языке, причем запрос на английском языке автоматически транслитерируется, и будут предлагаться варианты на обоих языках), расширенный поиск - представляет собой возможность составления запроса путем комбинирования следующих параметров: функциональной группы, вида активности и произвольно изображенного фрагмента. На рисунке показан снимок экрана результатов поиска по базе веществ соответствующих запросу: «содержат ядро пиримидина и обладают противомалярийной активностью».
Результаты поиска веществ содержащих пиримидин
и обладающие противомалярийной активностью
На данный момент БД «DRUG» содержит информацию о 4609 БАВ (из них 1366 - одобренные к применению лекарственные препараты, 3243 - экспериментальные), 551 вид активностей и 2474 биологические мишени.
Первичное заполнение БД «DRUG» осуществлялось из открытых, преимущественно англоязычных, источников: PubChem, DrugBank и др.
Ингибиторы ангиотензинпревращающего фермента (эналприл, лизиноприл) одни из основных лекарственных средств назначаемых для лечения больных с гипертонической болезнью в развитых странах мира. Известно, что при повышении уровня артериального давления, риск увеличения тромбообразования в сосудистом русле существенно выше, по сравнению с нормальными величинами артериального давления. Гипертоническая болезнь чаще всего развивается в течение длительного времени, и существенное повышение артериальное давление встречается у больных после 50 лет. Свертываемость крови с возрастом, как правило, увеличивается.
Представляло интерес выявить влияние лекарственных средств из группы ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента на показатели свертывающей системы крови в экспериментальных условиях.
Экспериментальные исследования проводились на бодрствующих животных (белые крысы) с использованием коагулографа Н-334. Кровь у животных забирали из вен языка (две - три капли). Полученные результаты оценивались относительно контроля и препаратов сравнения с использованием современных методов статистики.
Выявлены достоверные изменения свертываемости крови при назначении белым крысам ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента. Показатели свертывающей системы крови понижались на 15-46 % от исходного уровня. Достоверные изменения регистрировали после введения эналаприла и лизиноприла (таблица).
Влияние эналаприла и лизиноприла на показатели свертывающей системы крови у животных (М ± m, секунды)
|
Показатели |
Контрольные опыты |
Эналаприл |
Лизиноприл |
|
Продолжительность свертывания крови |
168 ± 2,4 |
228 ± 7,1* |
193 ± 3,9* |
|
% |
100 % |
136 % |
115 % |
|
Начало свертывания крови |
122 ± 2,3 |
143 ± 2,6* |
142 ± 3,1* |
|
% |
100 % |
117 % |
116 % |
|
Конец свертывания крови |
189 ± 4,5 |
275 ± 6,7* |
270 ± 5,2* |
|
% |
100 % |
146 % |
143 % |
|
Начало ретракции и фибринолиза |
558 ± 7,8 |
768 ± 11,6* |
815 ± 14,2* |
|
% |
100 % |
138 % |
146 % |
Примечание. * - Р < 0,05 по сравнению с контрольными опытами.
Полученные результаты исследования позволяют рекомендовать изученные лекарственные средства для дальнейшего исследования в клинической практике с целью расширения спектра положительных эффектов применяемых препаратов из группы ингибиторов ангиотензинпревращающего фермента.
Список литературы
- Дейт К. Дж. Введение в системы баз данных. - 8-е изд. - М.: Вильямс, 2006. - 1328 с. (дата обращения: 08.02.2011).
- http://rdkit.sourceforge.net/ (дата обращения: 08.02.2011).
- http://merian.pch.univie.ac.at/~nhaider/cheminf/cmmm.html (дата обращения: 08.02.2011).
- http://openbabel.org/ (дата обращения: 08.02.2011).
- http://www.molinspiration.com/jme/ (дата обращения: 08.02.2011).
Отзывы (через Facebook):
Оставить отзыв с помощью аккаунта FaceBook:
Статья в формате PDF 293 KB...
21 01 2021 7:27:39
Статья в формате PDF 124 KB...
19 01 2021 7:57:19
Статья в формате PDF 132 KB...
17 01 2021 9:16:45
Статья в формате PDF 187 KB...
16 01 2021 5:43:25
В данной статье выделены основные подходы к проблеме человека, сложившиеся в истории казахской традиции и современной казахской философской мысли. По мнению автора, в объяснении феномена человека казахской традицией можно найти ряд толкований, пояснений, отражающих особое внимание к человеку, его духовному миру, самоценности, достоинству, чести. Именно на этой основе казахская национальная традиция получает возможность сосредоточиться на рассмотрении своего видения проблемы отношения человека и мира. ...
15 01 2021 0:23:18
Статья в формате PDF 127 KB...
14 01 2021 22:42:59
Статья в формате PDF 254 KB...
13 01 2021 7:37:55
Статья в формате PDF 136 KB...
12 01 2021 13:50:37
Статья в формате PDF 103 KB...
11 01 2021 22:50:34
Статья в формате PDF 314 KB...
10 01 2021 2:35:23
Статья в формате PDF 227 KB...
09 01 2021 21:17:54
Статья в формате PDF 120 KB...
08 01 2021 13:47:45
Статья в формате PDF 169 KB...
06 01 2021 21:35:33
Статья в формате PDF 259 KB...
05 01 2021 2:59:13
Статья в формате PDF 111 KB...
04 01 2021 15:50:14
Статья в формате PDF 293 KB...
03 01 2021 20:13:31
Статья в формате PDF 113 KB...
02 01 2021 6:16:27
Статья в формате PDF 111 KB...
01 01 2021 16:56:22
В статье изложены результаты исследования содержания таких биоэнергетически активных компонентов-углеводов и липидов в организме Trichocephalus trichiurus,Tr.muris в норме и после применения принятых терапевтических дозах Вермокса, Медамина и Дифезила. ...
31 12 2020 6:49:22
Статья в формате PDF 138 KB...
30 12 2020 18:33:53
Статья в формате PDF 126 KB...
29 12 2020 10:40:18
Статья в формате PDF 124 KB...
28 12 2020 19:33:53
Статья в формате PDF 315 KB...
26 12 2020 17:36:53
Статья в формате PDF 104 KB...
25 12 2020 9:53:23
Статья в формате PDF 235 KB...
24 12 2020 5:22:21
Статья в формате PDF 104 KB...
23 12 2020 18:48:23
Статья в формате PDF 121 KB...
21 12 2020 7:59:19
Статья в формате PDF 86 KB...
19 12 2020 2:27:18
Статья в формате PDF 125 KB...
18 12 2020 5:39:11
Эффективность фотопреобразования света в электрический ток ограничено рекомбинационными, тепловыми и другими потерями энергии в структурах солнечных элементов ( С Э). Уравнения, описывающие потери, уточнены с учетом рассредоточения омических потерь в лицевом слое ( Л С). Впервые проведена оценка тепловых потерь, обусловленных эффектом Пельтье, в контактах электрической цепи С Э. ...
17 12 2020 16:56:42
Статья в формате PDF 112 KB...
16 12 2020 22:42:40
Статья в формате PDF 192 KB...
15 12 2020 23:33:50
Статья в формате PDF 267 KB...
14 12 2020 7:25:14
Статья в формате PDF 302 KB...
13 12 2020 5:34:36
Статья в формате PDF 109 KB...
12 12 2020 14:11:17
Статья в формате PDF 253 KB...
11 12 2020 7:50:17
Статья в формате PDF 117 KB...
10 12 2020 16:18:30
Статья в формате PDF 98 KB...
09 12 2020 1:20:28
Авторами проведено комплексное исследование сосудистых и нервных структур всего органокомплекса брюшной полости, что позволило подтвердить общие морфологические закономерности, свойственные млекопитающим отряда хищных, выявить характерные видовые и внутривидовые особенности васкуляризации и иннервации у пушных зверей клеточного содержания. Полученные новые данные о морфологии сосудистых и нервных образований органов брюшной полости млекопитающих являются оригинальными и дают не только полное представление об изученных структурах, но позволяют морфофункционально интерпретировать адаптогенные процессы, протекающие в интегративно-координационных системах организма пушных зверей, находящихся под интенсивным антропогенным воздействием в процессе доместикации. ...
08 12 2020 3:16:25
Статья в формате PDF 337 KB...
07 12 2020 17:11:30
Статья в формате PDF 189 KB...
06 12 2020 2:57:48
Статья в формате PDF 103 KB...
05 12 2020 6:14:24
Статья в формате PDF 138 KB...
04 12 2020 6:56:52
Статья в формате PDF 115 KB...
03 12 2020 9:32:20
Статья в формате PDF 122 KB...
02 12 2020 22:59:56
Статья в формате PDF 100 KB...
01 12 2020 1:57:55
Статья в формате PDF 221 KB...
29 11 2020 13:58:10
Статья в формате PDF 109 KB...
28 11 2020 4:38:58
Статья в формате PDF 114 KB...
27 11 2020 7:27:30
Статья в формате PDF 116 KB...
26 11 2020 9:40:44
Статья в формате PDF 114 KB...
25 11 2020 19:58:21
Статья в формате PDF 111 KB...
23 11 2020 8:14:32
В статье на основе материала « Национального корпуса русского языка» дан анализ вербальному и невербальному воплощению эмотивного концепта «обида» в художественном тексте. На языковом уровне рассмотрена сочетаемость лексемы «обида» с другими словами-эмотивами. На неязыковом уровне охарактеризованы невербальные компоненты проявления данной эмоции (плач, взгляд, жесты). Представленный анализ позволяет сделать вывод о национальной специфики данного чувства. ...
22 11 2020 5:28:56
Статья в формате PDF 119 KB...
21 11 2020 12:41:20
Статья в формате PDF 376 KB...
20 11 2020 12:52:48
Разработана математическая модель прогнозирования инфекционной заболеваемости на модели природно-очаговой инфекции, возбудителем которой является вирус клещевого энцефалита. Математическая модель представлена в виде аддитивного временного ряда, включающая тренд, случайные компоненты и сезонные составляющие, имеющие разную периодичность: менее года, 3 года и многолетнюю. ...
19 11 2020 7:22:13
Статья в формате PDF 118 KB...
18 11 2020 23:28:26
Статья в формате PDF 100 KB...
16 11 2020 0:31:20
Статья в формате PDF 156 KB...
15 11 2020 20:45:39
Лимфатическая система с момента закладки является частью единой сердечно-сосудистой системы и образуется в эмбриогенезе путем выключения части первичных вен и их притоков с эндотелиальными стенками из кровотока. Неравномерный рост первичного лимфатического русла с эндотелиальными стенками, в т.ч. путем его частичной магистрализации и редукции, лежит в основе морфогенеза вариабельной дефинитивной лимфатической системы у плодов в прямой связи с закладкой лимфатических узлов. ...
14 11 2020 7:32:58
Статья в формате PDF 110 KB...
13 11 2020 20:39:22
Статья в формате PDF 106 KB...
11 11 2020 3:22:12
Статья в формате PDF 307 KB...
10 11 2020 16:24:17
Статья в формате PDF 114 KB...
09 11 2020 11:32:28
Статья в формате PDF 162 KB...
07 11 2020 14:25:28
Статья в формате PDF 251 KB...
06 11 2020 8:54:52
Статья в формате PDF 100 KB...
05 11 2020 19:59:11
Статья в формате PDF 130 KB...
04 11 2020 15:34:11
Статья в формате PDF 115 KB...
03 11 2020 16:48:50
Статья в формате PDF 119 KB...
02 11 2020 13:23:31
Статья в формате PDF 112 KB...
31 10 2020 13:38:10
Статья в формате PDF 316 KB...
30 10 2020 3:59:36
Статья в формате PDF 329 KB...
29 10 2020 7:40:37
Статья в формате PDF 115 KB...
28 10 2020 1:57:20
Цель исследования - изучение особенностей клеточного звена иммунитета и содержания цитокинов в сыворотке крови у пациентов с гастроэзофагеальной рефлюксной болезнью и пищеводом Барретта. Обследованы 70 пациентов с эрозивной формой гастроэзофагеальной рефлюксной болезни и 42 пациента с пищеводом Барретта. Применены клинические, эндоскопические, морфологические, иммунологические методы исследования. Выявлены различия в показателях клеточного звена иммунитета и содержания в сыворотке крови интерлейкина-4, интерлейкина-8, интерлейкина-10, фактора некроза опухолей-, интерферона- у больных гастроэзофагеальной рефлюксной болезнью в динамике лечения и у пациентов с пищеводом Барретта. ...
27 10 2020 18:55:31
В настоящее время, только глухой не услышит рассуждений о влияние магнитных бурь на здоровье человека, но и он найдет массу публикаций на эту тему. И все они, за исключением чисто научных сообщений, негативно оценивают воздействие магнитной бури на организм человека. Так ли это? Земля, как планета и человек, проживающий, на ней являются, участниками вселенской карусели с парадными построениями планет, определяющими процессы на небезразличной для нас звезде под названием Солнце. Миллионы лет до нашей планеты и тысячи лет до нас доходит информация из Вселенной, которую мы не можем понять силой своего разума. Астрологи древних цивилизаций смогли определить строгую последовательность движения планет и зависимых от этого изменений на Земле. Так видимо родилось наше представление о времени, цикличность которого не могла быть не замечена. Цикличность Космических событий можно выделить как первооснову Земной жизни. И в этой жизни циклы активности Солнца занимают особое место. Хорошо известно, что в основе многих восточных религий лежит двенадцатилетний событийный цикл. Не трудно предположить, что такая периодичность могла быть определена одиннадцатилетним циклом Солнечной активности (одиннадцать лет – это усредненное значение за сотни лет измерений, при разбросе от 7 до 17 лет). С такой периодичностью связано множество процессов на Земле: извержение вулканов, наводнения, техногенные катастрофы, изменения социально-политических формаций, уровня смертности и рождаемости, динамики инфекционных заболеваний, урожайности и многие другие. Не трудно предположить, что одиннадцатилетние циклы Солнечной активности наиболее значимы для жизни человека, длительность которой ограничена 6-9 циклами. ...
26 10 2020 1:48:46
Статья в формате PDF 236 KB...
25 10 2020 0:58:25
Статья в формате PDF 103 KB...
24 10 2020 13:20:49
Статья в формате PDF 119 KB...
23 10 2020 22:56:16
Статья в формате PDF 111 KB...
22 10 2020 3:35:26
Статья в формате PDF 99 KB...
20 10 2020 15:23:16
Статья в формате PDF 123 KB...
19 10 2020 13:38:51
Статья в формате PDF 265 KB...
18 10 2020 11:19:51
Приводятся результаты исследования восстановления пашен, заброшенных при развитии негативных криогенных процессов и явлений и деформации поверхности. Этот опыт восстановления может использоваться и на долинных сельскохозяйственных угодьях, где распространены близкозалегающие подземные льды, вызывающие деформацию поверхности при мелиоративных воздействиях. ...
17 10 2020 2:22:25
Статья в формате PDF 109 KB...
16 10 2020 12:32:12
Статья в формате PDF 203 KB...
15 10 2020 7:28:53
Статья в формате PDF 120 KB...
14 10 2020 3:42:22
Статья в формате PDF 97 KB...
13 10 2020 20:41:19
Статья в формате PDF 112 KB...
12 10 2020 0:15:42
Статья в формате PDF 626 KB...
11 10 2020 1:16:36
Статья в формате PDF 121 KB...
09 10 2020 12:11:24
Статья в формате PDF 102 KB...
07 10 2020 2:34:40
Статья в формате PDF 93 KB...
06 10 2020 16:51:32
Статья в формате PDF 280 KB...
05 10 2020 4:55:26
Статья в формате PDF 86 KB...
04 10 2020 21:53:24
Статья в формате PDF 121 KB...
02 10 2020 21:24:22
Статья в формате PDF 111 KB...
01 10 2020 13:51:50
Статья в формате PDF 149 KB...
30 09 2020 6:23:46
Статья в формате PDF 102 KB...
29 09 2020 2:48:36
Статья в формате PDF 257 KB...
28 09 2020 17:18:30
Статья в формате PDF 117 KB...
27 09 2020 3:10:28
Установлен факт защитного влияния нового бионического режима импульсно-гипоксических адаптаций на восстановительные процессы коры мозга после удаления внутричерепных опухолей у нейрохирургических больных. Механизмом протекции мозга от рецидива злокачественных опухолей может быть согласование ритмов энергопродукции и энергопотребления в процессе формирования адаптации. ...
26 09 2020 0:24:42
Статья в формате PDF 129 KB...
25 09 2020 23:31:23
Статья в формате PDF 124 KB...
24 09 2020 0:48:11
Статья в формате PDF 123 KB...
23 09 2020 9:38:51
Статья в формате PDF 126 KB...
22 09 2020 0:19:26
Статья в формате PDF 135 KB...
21 09 2020 23:53:55
Статья в формате PDF 220 KB...
20 09 2020 14:49:27
Статья в формате PDF 122 KB...
19 09 2020 16:39:37
Статья в формате PDF 106 KB...
18 09 2020 7:56:51
Статья в формате PDF 104 KB...
17 09 2020 1:29:18
Бесплодие является одним из главным заболеванием коров. По причине непригодности к воспроизводству из стад выбывает более половины животных. По этой причине сельскохозяйственные предприятия терпят существенные убытки. В настоящее время в производстве требуются современные методы лечения, которые отличались бы высокой эффективностью, широким спектром действия, низкозатратностью. Авторы считают, что такой инновационной технологией является лечение нарушения воспроизводительной системы коров и телок с использованием метода криотерапии и озонированными гомеопатическими препаратами. ...
16 09 2020 20:54:32
Обсуждается проблемы разбиения и структурирования пространства, формирования структурных модулей, которые предназначены для конструирования модульных 3D структур кристаллов. ...
15 09 2020 0:11:57
В статье дано определение техническому состоянию техники, представлены виды технических состояний и процессы изменения технического состояния при эксплуатации. Бытовая техника при эксплуатации может принимать исправное и неисправное состояние, а также работоспособное и неработоспособное состояние. Показана взаимосвязь видов технических состояний в виде графа переходов технических состояний, позволяющий проводить технологию восстановления работоспособности техники. Определен порядок восстановления бытовой техники и сформулирован критерий отказа техники. Рассмотрены признаки восстановления бытовой техники по отношению к восстанавливаемой и невосстанавливаемой техники. Показано, что к невосстанавливаемой технике относится техника, нахоящаяся в предельном состоянии или в результате ресурсного отказа. Рассмотрены признаки предельного состояния для восстанавливаемой и невосстанавливаемой техники. ...
14 09 2020 0:38:51
Статья в формате PDF 387 KB...
13 09 2020 20:58:10
Статья в формате PDF 94 KB...
11 09 2020 10:19:22
Статья в формате PDF 158 KB...
10 09 2020 8:47:51
Статья в формате PDF 105 KB...
09 09 2020 6:26:10
Статья в формате PDF 114 KB...
08 09 2020 23:35:12
Статья в формате PDF 112 KB...
06 09 2020 21:35:28
Статья в формате PDF 100 KB...
05 09 2020 7:59:12
Статья в формате PDF 126 KB...
04 09 2020 12:10:17
Статья в формате PDF 252 KB...
03 09 2020 6:30:20
Выделены навыки социальной коммуникации, необходимые для успешного освоения химических дисциплин. Предложен один из путей снятия напряженности в процессе общения преподавателя и студента - виртуальный письменный диалог, реализованный в виде учебного пособия. Используемые в пособии методические приемы позволяют наиболее полно сформировать необходимый инструментарий познания: (логические операции + социальная коммуникация) → понимание → знание. ...
02 09 2020 9:45:35
Статья в формате PDF 729 KB...
01 09 2020 8:51:43
Статья в формате PDF 311 KB...
31 08 2020 11:41:34
В работе показано, что фундаментальные принципы классической механики и теории поля - принцип наименьшего действия и калибровочная инвариантность полей и электромагнитного поля - есть прямое следствие существования уже в рамках классической физики функции состояния. ...
30 08 2020 17:26:34
Реформы в образовании ума человека происходят всегда до новых циклов экономического возрождения из кризисов. Это запаздывание весьма большое у России. В развитых странах цикл реформ в образовании начинается за 3–5 лет до начала экономических реформ. Но в России долго запрягают, а потом несутся напролом, на авось. Поэтому колебательное возмущение мнений экспертов превалирует над постоянством, – менталитет очень неровный. Предлагается принципиально новая методика, основанная на анализе устойчивых закономерностей с волновыми составляющими и полученная по конкретным экспертным оценкам. Цель статьи – кратко показать возможности методологии идентификации свойств поведения у групп экспертов, как неких условных популяций много знающих и оценивающих людей, а также привести критерии поведенческой динамики по тем или иным экспертным оценкам об интернационализации российского образования. ...
29 08 2020 3:51:36
Статья в формате PDF 94 KB...
28 08 2020 9:19:23
Статья в формате PDF 129 KB...
26 08 2020 2:16:31
Статья в формате PDF 107 KB...
25 08 2020 1:44:29
Еще:
Обзоры -1 :: Обзоры -2 :: Обзоры -3 :: Обзоры -4 :: Обзоры -5 :: Обзоры -6 :: Обзоры -7 :: Обзоры -8 :: Обзоры -9 :: Обзоры -10 :: Обзоры -11 ::
Последовательность подготовки научной работы может быть такой: